Durante mais de duas décadas trabalhou incansavelmente para promover o diálogo e a compreensão entre uigures e outros chineses. Em resultado do seu ativismo, foi condenado, em setembro de 2014, a uma pena de prisão perpétua após um julgamento-fantoche de dois dias. Apesar do que sofreu, continua a ser uma voz da moderação e da reconciliação.
Ilham Tohti é conhecido pela sua investigação sobre relações entre a população uigure e a população han e por defender de forma acérrima a aplicação das leis de autonomia regional na China. Foi também autor do Uyghur Online, um sítio Web que discute questões uigures. Nesta plataforma, Ilham Tohti criticou regularmente a exclusão da população uigure chinesa do desenvolvimento do país e incentivou uma maior sensibilização para o estatuto e o tratamento da comunidade uigure na sociedade chinesa. Por estas ações, Ilham Tohti foi declarado um «separatista» pelo Estado chinês e, subsequentemente, condenado a uma pena de prisão perpétua.
Pelo seu trabalho em circunstâncias adversas, Ilham Tohti recebeu o Prémio PEN/Barbara Goldsmith Freedom to Write (2014), o Prémio Martin Ennals (2016) e o Prémio para a Liberdade da Internacional Liberal (2017). Ilham Tohti foi nomeado para o Prémio Nobel da Paz de 2019.
Nos últimos anos os uigures sofreram uma repressão sem paralelo por parte do Governo chinês, devido à sua identidade étnica e às suas crenças religiosas únicas. Desde abril de 2017, mais de 1 milhão de uigures inocentes foram detidos arbitrariamente numa rede de campos de internamento, onde são forçados a renunciar à sua identidade étnica e às suas convicções religiosas e a jurar fidelidade ao Governo chinês.
O caso de Ilham Tohti coloca questões cruciais a nível internacional e preocupações ligadas ao respeito pelos direitos humanos: a promoção de valores islâmicos moderados face à repressão religiosa estatal; os esforços para abrir o diálogo entre uma minoria muçulmana e uma população maioritariamente não muçulmana; e a supressão da dissidência não violenta por um Estado autoritário.